云南净化车间万级和十万级的主要区别体现在以下几个方面：

1. 洁净度要求：万级净化车间对洁净度的要求更高。它要求在一定空间范围内，空气中的颗粒物浓度达到每立方米不超过10000个的标准。而十万级净化车间则代表标准条件下空气中每立方米的颗粒物数量不超过10万个。
2. 建设成本：由于万级洁净车间的洁净度要求更高，因此在材料、设备、施工等方面的投入相对较大，导致其建设成本高于十万级洁净车间。
3. 净化效果：万级洁净车间的净化效果更优异，可以有效减少生产过程中的污染，提高产品质量。相比之下，十万级洁净车间的净化效果稍逊于万级洁净车间。
4. 微生物控制：万级洁净车间对微生物的控制更为严格，适用于对卫生条件要求较高的生产环节，如药品生产等。而十万级洁净车间则适用于一些对洁净度要求相对较低的生产环节。

总的来说，云南净化车间万级和十万级净化车间在洁净度要求、建设成本、净化效果和微生物控制等方面存在显著差异。在选择使用哪种净化车间时，应根据实际生产需求和条件进行综合考虑。